João Soares Rebelo wurde 1609 in Caminha im Norden Portugals geboren. Er war der Sohn von João Soares Pereira und Domingas Lourenço Rebelo, weswegen er auch mit dem Namen João Lourenço Rebelo unterzeichnete. Im Alter von 15 Jahren trat er in den Dienst des Hauses Bragança, genauer gesagt in das Kolleg der Magi, das neben dem Herzogspalast von Vila Viçosa liegt. Hier erwarb er musikalische Fähigkeiten und erlangte unter dem Namen Rebelinho Anerkennung. Dies verdankte er wahrscheinlich seinem Bruder Marcos Soares Pereira, der Sänger in der Herzogskapelle wurde und später zum Leiter der königlichen Kapelle im Ribeira-Palast aufstieg. Die dynastische Verbindung ermöglichte den engen Kontakt zwischen der königlichen Musikkapelle von Madrid und der herzöglichen Musikkapelle.

Im Jahr 1634 wurden Carlos Patiño, António Balbi und Estefano Limido vom Herzogshaus Bragança (überprüfen Schreibweise!) für geleistete Dienste entschädigt. Diese Zahlungen sollen dem jungen Musiker zugute gekommen sein. In den 1630er Jahren war Rebelo Zeuge des Baus der Musikbibliothek durch den 8. Herzog von Bragança – Don João. Der Herzog beauftragte den Maler Bernardino del Aqua (1635?) aus Madrid, die Decken mit weltlichen und geistlichen Musikmotiven zu dekorieren. Don João, ein Musikliebhaber, der auch selbst komponierte und theoretische Werke veröffentlichte, baute im Laufe der Jahre eine enge Verbindung zu Rebelinho auf. Interessanterweise schien Rebelinho innerhalb des Kreises von Don João keine offizielle Position als Musiker innezuhaben.

Im Jahr 1640, mit der Wiederherstellung Portugals als Staat, zog der gesamte Hof des Herzogspalastes in den Königspalast in Lissabon um. João Lourenço Rebelo begleitete den jungen Monarchen und 1647 wurde der zweite Stock der Festung des Ribeira-Palastes für die Aufnahme der Musikbibliothek aus Vila Viçosa vorbereitet. Rebelo trug mit seinen Bemühungen wesentlich zu diesem Vorhaben bei und wurde von Don João IV. zum Ritter geschlagen. Als Don João IV. 1656 starb, hatte er testamentarisch den Druck seiner eigenen Werke in Italien angeordnet. Er überreichte Rebelo eine Kopie und wies ihn an, die restlichen Kopien an Musikbibliotheken in Spanien und Italien zu übergeben. Das Projekt verwirklichte sich teilweise mit der Veröffentlichung der Sammlung polyphoner Werke mit dem Titel „Psalmi tum Vesperarum, tum Completorii. Item Magnificat, Lamentationes, Miserere“ (Rom, 1657). Einige Jahre später, im Jahr 1661, verstarb Rebelo plötzlich auf seinem Anwesen in Santo Amaro (Apelação) in der Nähe von Lissabon. Er wurde in der dortigen Pfarrkirche begraben.