Die Pest trat erstmals 541 auf dem europäischen Kontinent auf und kehrte in mehreren Wellen bis etwa zur Mitte des 8. Jahrhunderts zurück, bevor sie in Vergessenheit geriet. Als sie im 14. Jahrhundert wiederkehrte, verursachte sie erneut verheerende Bevölkerungsverluste. Sie wurde nun aufgrund der schwarzen Beulen, die die Krankheit verursachte, als „schwarzer Tod“ bezeichnet. 1349 erreichte die Pest Wien und soll in kurzer Zeit etwa die Hälfte der Stadtbevölkerung dahingerafft haben. Maßnahmen gegen die Pest wurden in Verordnungen von 1541 festgelegt, die jedoch meist nur lax eingehalten wurden. Dazu gehörten die Inspektion von Reisenden, die Schließung von Häusern (Quarantäne) und die Umwandlung von Siechen in Pesthospitäler. Prozessionen wurden verboten, Gasthäuser geschlossen und Märkte nach faulen Früchten durchsucht. Die Möbel der betroffenen Haushalte wurden verbrannt. Vor allem aber forderten die habsburgischen Kaiser ihre Untertanen auf, ein tugendhaftes Leben zu führen, um nicht Gottes Zorn zu erregen. Die Abwehr der Seuche scheiterte allerdings meist vor allem an Hygienedefiziten, denn die Pest wurde zumeist durch Ratten und Rattenflöhe übertragen, eine Übertragung von Mensch zu Mensch war deutlich seltener.