João Soares Rebelo nació en Caminha, norte de Portugal, en 1609. Era hijo de João Soares Pereira y Domingas Lourenço Rebelo, lo que le llevó a firmar también como João Lourenço Rebelo. A los 15 años entró al servicio de la Casa de Braganza, concretamente en el Colegio de los Reyes Magos, adyacente al Palacio Ducal de Vila Viçosa. Aquí adquirió habilidades musicales y ganó reconocimiento con el nombre de Rebelinho. En este importante logro probablemente influyó su hermano, Marcos Soares Pereira, que llegó a ser Capellán Cantor de la Capilla Ducal y más tarde ascendió al cargo de Maestro de la Capilla Real del Palacio de la Ribeira. La unión dinástica facilitó un estrecho contacto entre la Capilla Real de Madrid y la Capilla Ducal.

En el año 1634, Carlos Patiño, así como António Balbi y Estefano Limido, fueron compensados por la Casa Ducal de Braganza por los servicios prestados. Se cree que estos pagos beneficiaron al joven músico. En la década de 1630, Rebelo fue testigo de la construcción de la Biblioteca de Música por el 8º Duque de Braganza - D. João. El duque contrató al pintor italiano, Bernardino del Agua, afincado en Madrid, para decorar los techos con motivos de música profana y sacra. D. João, un entusiasta de la música que se dedicaba a la composición y publicaba obras teóricas, estableció una fuerte conexión con Rebelinho a lo largo de los años. Curiosamente, Rebelinho no ocupó ningún cargo musical oficial en el círculo de D. João.

En 1640, con la Restauración de Portugal, toda la corte del Palacio Ducal se trasladó al Palacio Real de Lisboa. João Lourenço Rebelo acompañó al joven monarca y, en 1647, el segundo piso del Fuerte del Palacio de la Ribeira estaba preparado para recibir la Biblioteca Musical de Vila Viçosa. Los esfuerzos de Rebelo contribuyeron significativamente a este empeño, lo que le valió el título de caballero de D. João IV, quien le concedió varias distinciones. Cuando D. João IV falleció en 1656, su testamento indicaba que había ordenado la impresión de sus obras en Italia, entregando a Rebelo un ejemplar y encargándole que distribuyese los restantes entre las bibliotecas musicales de España e Italia. El proyecto se materializó parcialmente con la publicación de la colección de obras polifónicas titulada "Psalmi tum Vesperarum, tum Completorii. Item Magnificat, Lamentationes, Miserere" (Roma, 1657). Unos años más tarde, en 1661, Rebelo falleció repentinamente en su finca de Santo Amaro (Apelação), cerca de Lisboa. Fue enterrado en la iglesia parroquial de la misma localidad.